KHÔNG KÊ KHAI THUẾ KHI MỚI THÀNH LẬP CÔNG TY CÓ BỊ PHẠT KHÔNG?

Sau khi hoàn thành thủ tục đăng kí doanh nghiệp, nhiều chủ doanh nghiệp thường bỏ lỡ những nghĩa vụ về thuế sau khi đã nhận được giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp (ERC). Năm 2026, nghĩa vụ về thuế đã được điều chỉnh bởi những quy định rất mới với các văn bản quy phạm pháp luật về thuế. Nhằm tạo điều kiện bổ cập quy định mới và cung cấp kiến thức pháp luật về thuế thì bài viết dưới đây sẽ phân tích rõ nghĩa vụ về thuế đối với doanh nghiệp sau khi thành lập công ty sẽ bao gồm những gì theo quy định của pháp luật hiện hành.

Phân biệt các nghĩa vụ về thuế sau khi thành lập công ty.

Khi thực hiện nghĩa vụ thuế, nhiều chủ doanh nghiệp thường nhầm lẫn giữa các thủ tục với nhau, phổ biến nhất là sự nhầm lẫn giữa đăng ký thuế và nộp hồ sơ khai thuế

Thủ tục đăng ký thuế

Căn cứ khoản 1 Điều 10 Luật Quản lý thuế năm 2025 (có hiệu lực từ ngày 01/07/2026), phạm vi đăng ký thuế bao gồm:

• • Đăng ký thuế lần đầu;
  • Thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế;
  • Thông báo khi tạm ngừng hoạt động, kinh doanh;
  • Chấm dứt hiệu lực mã số thuế;
  • Khôi phục mã số thuế.

Như vậy, thủ tục đăng ký thuế bao gồm nhiều nghiệp vụ tương ứng với từng giai đoạn hoạt động của doanh nghiệp. Trong phạm vi bài viết này, chúng tôi tập trung làm rõ thủ tục đăng ký thuế lần đầu.

Về đối tượng thực hiện, căn cứ khoản 2, khoản 3 Điều 10 Luật Quản lý thuế 2025 và khoản 1, khoản 2 Điều 4 Thông tư 90/2026, quy trình đăng ký thuế lần đầu hiện được phân định theo hai cơ chế: cơ chế một cửa liên thông và đăng ký trực tiếp với cơ quan thuế. So với trước đây, khi đăng kí thuế lần đầu thì người nộp thuế phải nộp hồ sơ thuế lên cơ quan thuế trực tiếp thì hiện nay, tùy thuộc vào đối tượng khác nhau sẽ có cơ chế đăng ký khác nhau. Nếu thuộc đối tượng tại khoản 2 Điều 10 Luật Quản lý thuế 2025 thì việc đăng ký thuế sẽ cùng với thủ tục đăng ký thành lập trước đó. Ví dụ như công ty đã đăng ký thành lập doanh nghiệp thì việc này cũng đã đồng thời với thủ tục đăng ký thuế lần đầu thông qua cơ chế một cửa liên thông.

Cơ chế liên thông mang lại thuận lợi lớn khi tối giản đáng kể quy trình cho người nộp thuế:

• • Quy trình xử lý liên thông: Khi doanh nghiệp, hợp tác xã, tổ hợp tác hoặc hộ kinh doanh nộp hồ sơ đăng ký tại Cơ quan đăng ký kinh doanh, cơ quan này sẽ kiểm tra hồ sơ và cập nhật dữ liệu vào Hệ thống thông tin về đăng ký kinh doanh.
  • Xử lý dữ liệu tự động: Sau khi xác nhận hồ sơ hợp lệ, hệ thống sẽ tự động truyền dữ liệu sang cơ quan thuế qua Hệ thống ứng dụng đăng ký thuế. Hệ thống của cơ quan thuế sẽ tự động đối soát điều kiện cấp mã số thuế và phản hồi kết quả (chấp thuận cấp MST hoặc từ chối nêu rõ lý do) về lại hệ thống đăng ký kinh doanh.
  • Người nộp thuế chỉ cần nhận Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp/hợp tác xã/hộ kinh doanh từ Cơ quan đăng ký kinh doanh. Giấy chứng nhận này đã tích hợp đồng thời mã số thuế, do đó doanh nghiệp không phải nhận riêng Giấy chứng nhận đăng ký thuế như trường hợp nộp trực tiếp tại cơ quan thuế. Vì thế cũng không phải nộp riêng hồ sơ đăng ký thuế lên cơ quan thuế.

Nộp hồ sơ khai thuế

Nộp hồ sơ khai thuế được quy định tại Điều 12 Luật Quản lý thuế năm 2025 là nghĩa vụ định kỳ, lặp lại  theo tháng, quý, năm hoặc từng lần phát sinh ngay sau khi có mã số thuế, hoàn toàn độc lập với việc công ty đã có doanh thu hay chưa. Đây là thủ tục yêu cầu người nộp thuế phải kê khai và làm trực tiếp với cơ quan thuế. Người nộp thuế phải khai chính xác, trung thực, đầy đủ các nội dung trong hồ sơ khai thuế, khoản thu khác đối với từng loại thuế, khoản thu khác và tự tính số tiền thuế, khoản thu khác phải nộp, trừ trường hợp việc tính thuế, khoản thu khác, thông báo thuế, khoản thu khác do cơ quan quản lý thuế thực hiện theo quy định của Chính phủ.

Thời hạn thực hiện nghĩa vụ đăng kí thuế và nộp hồ sơ khai thuế

So với các quy định trước đây, thời hạn đăng ký thuế và thời hạn nộp hồ sơ khai thuế đã được điều chỉnh rõ ràng, đồng bộ hơn theo hệ thống pháp luật mới.

Thời hạn đăng ký thuế lần đầu

Căn cứ Điều 6 Nghị định 252/2026/NĐ-CP (có hiệu lực từ ngày 01/07/2026), thời hạn đăng ký thuế được phân định cụ thể theo hai cơ chế:

• • Đối với cơ chế một cửa liên thông: Thời hạn đăng ký thuế chính là thời hạn đăng ký doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã, tổ hợp tác, hộ kinh doanh, hoặc đăng ký đơn vị phụ thuộc/địa điểm kinh doanh theo quy định của pháp luật. Trường hợp giải thể hoặc chấm dứt hoạt động, người nộp thuế thực hiện thủ tục tương ứng tại cơ quan đăng ký kinh doanh sau khi đã hoàn thành đầy đủ nghĩa vụ thuế. Nhờ cơ chế liên thông tự động giữa hai hệ thống dữ liệu, doanh nghiệp không phải thực hiện thêm thủ tục đăng ký thuế riêng biệt và không phải lo ngại về rủi ro trễ hạn đăng ký thuế ban đầu.
  • Đối với cơ chế nộp trực tiếp tại cơ quan thuế :Thời hạn đăng ký thuế lần đầu là 10 ngày làm việc kể từ ngày phát sinh các sự kiện pháp lý quy định tại các điểm a.1, a.2, a.3, a.4, a.5 khoản 2 Điều 6 Nghị định 252/2026/NĐ-CP (như ngày được cấp giấy phép thành lập/hoạt động, ngày bắt đầu hoạt động kinh doanh, hoặc ngày phát sinh nghĩa vụ thuế).

Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế

Khác với thủ tục đăng ký thuế, thời hạn nộp hồ sơ khai thuế phụ thuộc vào kỳ tính thuế của từng sắc thuế. Căn cứ khoản 1 Điều 10 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, thời hạn nộp hồ sơ khai thuế được quy định như sau:

• • Khai theo từng lần phát sinh nghĩa vụ thuế: Chậm nhất là ngày thứ 10 kể từ ngày tiếp theo ngày phát sinh nghĩa vụ thuế (ngoại trừ trường hợp phải khai và nộp thuế trước khi được cấp hóa đơn điện tử có mã theo từng lần phát sinh quy định tại điểm b khoản 3 Điều 26 Luật Quản lý thuế 2025).
  • Khai theo tháng: Chậm nhất là ngày thứ 20 của tháng tiếp theo tháng phát sinh nghĩa vụ thuế.
  • Khai theo quý: Chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng đầu tiên của quý tiếp theo quý phát sinh nghĩa vụ thuế.
  • Khai theo năm: Chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng đầu tiên của năm dương lịch (hoặc năm tài chính) tiếp theo.

Có một số sai lầm mà doanh nghiệp thường hay mắc phải khi cho rằng doanh nghiệp chưa có doanh thu thì không phải nộp hồ sơ khai thuế. Đây là một hiểu lầm rất tai hại dễ dẫn đến những hệ quả về pháp lý rắc rối cho doanh nghiệp về sau. Lưu ý rằng kể cả khi chưa phát sinh doanh thu, nếu công ty không làm thủ tục tạm ngừng kinh doanh, thì kể từ kỳ tính thuế đầu tiên sau khi có mã số thuế, công ty vẫn phải nộp tờ khai đúng hạn. Bởi vì việc chưa có doanh thu không nằm trong danh sách miễn trừ nộp hồ sơ khai thuế tại Điều 11 Nghị định 252/2026.

Hệ quả của việc không thực hiện nghĩa vụ thuế

Để tránh các rủi ro pháp lý không đáng có, doanh nghiệp cần phân biệt rõ ranh giới giữa hành vi trốn thuế và hành vi vi phạm thủ tục thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế 2025.

Cụ thể, khoản 4 Điều 45 Luật Quản lý thuế 2025 đã làm rõ các trường hợp loại trừ xử phạt hành vi trốn thuế. Trong đó, điểm i khoản 4 Điều này quy định người nộp thuế không bị xử phạt về hành vi trốn thuế mà chỉ bị xử phạt về hành vi vi phạm thủ tục thuế đối với các trường hợp:

• • Không nộp hồ sơ đăng ký thuế;
  • Không nộp hồ sơ khai thuế hoặc nộp hồ sơ khai thuế sau 90 ngày kể từ ngày hết thời hạn nộp… nhưng không làm phát sinh số tiền thuế phải nộp;
  • Hoặc trường hợp nộp sau 90 ngày có phát sinh nghĩa vụ thuế nhưng người nộp thuế đã nộp đủ toàn bộ số tiền thuế, tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế hoặc trước thời điểm lập biên bản về hành vi chậm nộp.

Quy định trên cho thấy: bản chất của hành vi “trốn thuế”  hay chỉ đơn thuần là “vi phạm thủ tục thuế”  không phụ thuộc hoàn toàn vào việc doanh nghiệp có nộp hồ sơ đúng hạn hay không, mà cốt lõi nằm ở việc hành vi đó có dẫn đến hậu quả làm thất thu ngân sách nhà nước hay không.

Các nghĩa vụ pháp lý khác bắt buộc sau thành lập

Bên cạnh nghĩa vụ thuế, sau khi được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp (ERC), doanh nghiệp cần lưu ý hoàn tất các thủ tục pháp lý quan trọng sau:

• • Góp đủ vốn điều lệ đúng thời hạn : Chủ sở hữu phải góp đủ và đúng loại tài sản đã cam kết trong thời hạn 90 ngày kể từ ngày được cấp ERC. Nếu hết thời hạn này mà chưa góp đủ vốn:

• • • Doanh nghiệp phải làm thủ tục đăng ký giảm vốn điều lệ bằng số vốn thực góp trong thời hạn 30 ngày tiếp theo.
    • Trường hợp không đăng ký giảm vốn đúng luật, chủ sở hữu phải chịu trách nhiệm bằng toàn bộ tài sản cá nhân tương ứng với phần vốn cam kết góp đối với các nghĩa vụ tài chính phát sinh trong thời gian này (khoản 4 Điều 75 Luật Doanh nghiệp 2020).
  • Khắc dấu và quản lý con dấu: Doanh nghiệp được quyền tự quyết định loại dấu (dấu khắc truyền thống hoặc chữ ký số điện tử), số lượng, hình thức và nội dung con dấu. Đặc biệt, Luật Doanh nghiệp 2020 hiện nay đã bãi bỏ thủ tục thông báo mẫu dấu với cơ quan đăng ký kinh doanh trước khi sử dụng.

• • Đăng ký dịch vụ với nhà cung cấp giải pháp hóa đơn điện tử: Doanh nghiệp chọn một đơn vị cung cấp phần mềm/giải pháp hóa đơn điện tử hoặc sử dụng hệ thống hoá đơn điện tử miễn phí của cơ quan thuế nếu thuộc diện được hỗ trợ (doanh nghiệp nhỏ, siêu nhỏ…)
  • Tạo tài khoản ngân hàng
  • Đăng ký thay đổi và thông báo thay đổi thông tin (nếu có)

• • Đăng ký thay đổi: Bắt buộc thực hiện khi có biến động đối với các thông tin thể hiện trên ERC (tên công ty, địa chỉ trụ sở, vốn điều lệ, người đại diện theo pháp luật…).
  • Thông báo thay đổi: Áp dụng khi có sự thay đổi các thông tin đăng ký kinh doanh khác không ghi nhận trên ERC (như thông tin thuế, chi tiết mã ngành nghề, thông tin cổ đông sáng lập…).
  • Hoàn thiện giấy phép con (nếu có) : Nếu đăng ký các ngành, nghề kinh doanh có điều kiện (chẳng hạn như dịch vụ kế toán), doanh nghiệp phải đáp ứng đầy đủ các tiêu chuẩn hành nghề (chứng chỉ hành nghề, giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh…) và duy trì các điều kiện này trong suốt quá trình hoạt động trước khi chính thức cung cấp dịch vụ ra thị trường.

Quay trở lại câu hỏi đặt ra khi không kê khai thuế khi mới thành lập công ty có bị phạt không? Thì câu trả lời là: có thể bị phạt, nhưng không phải trong mọi trường hợp đều bị xử lý như nhau. Then chốt nằm ở việc hành vi đó có làm phát sinh thất thu cho ngân sách nhà nước hay không, chứ không đơn thuần chỉ là chậm nộp hồ sơ. Nếu doanh nghiệp mới thành lập, chưa phát sinh doanh thu, chưa có số thuế phải nộp mà chậm hoặc quên nộp tờ khai pháp luật chỉ coi đây là vi phạm thủ tục thuế. Ngược lại, nếu doanh nghiệp đã có doanh thu, phát sinh nghĩa vụ thuế nhưng không khai, khai sau 90 ngày hoặc cố tình che giấu, hành vi này sẽ bị quy vào trốn thuế thì thời hiệu xử phạt kéo dài đến 5 năm và nếu doanh nghiệp thậm chí chưa từng đăng ký thuế thì thời hạn truy thu không còn giới hạn.

Vì vậy, thay vì lo lắng về việc có bị phạt hay không, điều doanh nghiệp mới thành lập cần làm là chủ động nắm rõ lịch trình nghĩa vụ ngay từ ngày được cấp mã số thuế

Bài viết mang tính chất tham khảo, tổng hợp quy định pháp luật hiện hành tính đến thời điểm đăng tải. Mỗi vụ việc có tình tiết cụ thể khác nhau, Quý khách hàng vui lòng liên hệ trực tiếp BKC LAW để được tư vấn chi tiết, phù hợp với trường hợp của mình.

Điện thoại: 0909 073 692

Email:  info@bkclaw.vn

VP Quận 1:  Tầng 9 Tòa nhà Diamond Plaza, 34 Lê Duẩn, Phường Sài Gòn, Tp. Hồ Chí Minh

VP Bình Tân: 41 Tên Lửa, Phường An Lạc, Tp. Hồ Chí Minh